Η ΓΥΣ από το 2007 είναι οργανωμένη σε 4 Διευθύνσεις το Επιτελείο και τη Τοπογραφική Μοίρα Στρατού (ΤΟΜΣ). Η Υπηρεσία στο πλαίσιο των σύγχρονων τεχνολογικών εξελίξεων, προετοιμάζεται με βασική επιδίωξη την προσαρμογή και όπου απαιτείται τη τροποποίηση της οργανωτική της δομής σε ένα νέο συμπαγές και ευέλικτο σχήμα, που θα είναι περισσότερο αποδοτικό και αποτελεσματικό και θα αντικατοπτρίζει με ουσιαστικότερο τρόπο τις θεμελιώδεις λειτουργίες της .