Η οργάνωση και λειτουργία της ΓΥΣ διέπονται από τον ιδρυτικό της νόμο στο ΝΔ 1013/1971 (ΦΕΚ 204 Α´) «Περί ανασυγκροτήσεως της Γεωγραφικής Υπηρεσίας Στρατού» , το άρθρο 13 του οποίου αντικαταστάθηκε από το άρθρο 11 του Ν. 3257/2004 «Ρυθμίσεις θεμάτων προσωπικού των ΕΔ και άλλες διατάξεις».

Η ΓΥΣ αποτελεί Μονάδα του Γεωγραφικού Σώματος, οικονομικώς ανεξάρτητη, υπαγόμενη στη Διεύθυνση του Σώματος του Γενικού Επιτελείου Στρατού (ΓΕΣ), σύμφωνα με το Ν.2913/2001, άρθρο 7, παρ. 6.