Η αρχαία Ελλάδα υπήρξε πατρίδα μεγάλων γεωγράφων όπως Στράβων και ο αλεξανδρινός Κλαύδιος Πτολεμαίος. Ο Ερατοσθένης μάλιστα, υπολόγισε με εκπληκτικό τρόπο τις διαστάσεις της γης.

Το τέλος του αρχαίου κόσμου έφερε μια στασιμότητα και στις χαρτογραφικές εξελίξεις, ενώ η χώρα μας πέρασε μετά το τέλος της Βυζαντινής αυτοκρατορίας στην Τουρκοκρατία, για να απελευθερωθεί με την επανάσταση του 1821, που οδήγησε στο σύγχρονο Ελληνικό κράτος το 1830.

Η πρώτη επιστημονική εργασία για την χαρτογράφηση της Ελλάδας τοποθετείται χρονικά το διάστημα 1829-1831 με την ίδρυση του τριγωνομετρικού Δικτύου της Πελοποννήσου (1100 σημείων), από Γάλλους αξιωματικούς. Ο πρώτος χάρτης ολόκληρης της Ελλάδας, κλίμακας 1:400.000, εκδόθηκε στη δεκαετία 1840-1850, από Βαυαρούς και σε επόμενη έκδοση από Γάλλους, ενώ το 1885 στο Στρατιωτικό Γεωγραφικό Ινστιτούτο της Βιέννης εκδόθηκε ο Γενικός Χάρτης της Ελλάδος κλίμακας 1:300.000.

Το 1889, με συμφωνία συνυπογεγραμμένη από το Ελληνικό Υπουργείο των Στρατιωτικών και το Υπουργείο Εξωτερικών της Αυστριακής Κυβερνήσεως, η Αυστριακή αποστολή αξιωματικών από το Στρατιωτικό Γεωγραφικό Ινστιτούτο της Βιέννης συγκροτεί τη «Γεωδαιτική Αποστολή», η οποία αποτέλεσε τον πυρήνα της σημερινής ΓΥΣ. Εκείνο που κυρίως ενδιέφερε την τότε ελληνική κυβέρνηση ήταν η σύνταξη κτηματολογίου ώστε να μην ζημιώνεται η κρατική οικονομία. Ωστόσο ο αριθμός των διατιθέμενων αξιωματικών δεν ήταν επαρκής και η συγκροτηθείσα «Γεωδαιτική Αποστολή» ασχολήθηκε μόνον με τοπογραφικές και χαρτογραφικές εργασίες και όχι με κτηματολογικές.

Το έτος 1891 η «Γεωδαιτική Αποστολή» μετονομάστηκε σε «Γεωδαιτικό Απόσπασμα», για να αποτελέσει πλέον, το 1895, τη «Χαρτογραφική Υπηρεσία Στρατού» (Χ.Υ.Σ). Ένα χρόνο αργότερα, η Αυστριακή αποστολή παραδίδει με την αναχώρηση της, τη διοίκηση της Χ.Υ.Σ. στο Λοχαγό (MX) Κοντόσταυλο Αλέξανδρο και η Υπηρεσία με το Ν.Δ της 10/2/1926 μετονομάζεται από Χ.Υ.Σ σε ΓΥΣ, τίτλο που φέρει μέχρι και σήμερα.

Κατά την Γερμανική κατοχή 1940-1944 η ΓΥΣ λειτουργούσε κάτω από τον στρατιωτικό έλεγχο των δυνάμεων κατοχής. Τον Οκτώβριο του 1944 οι Γερμανικές δυνάμεις κατοχής (613 Τοπογραφική Μηχανοκίνητη Μονάδα) αποχώρησαν από την Ελλάδα συναποκομίζοντας τον τεχνικό εξοπλισμό και μέρος του αρχείου της ΓΥΣ.

Το 1962 άρχισε το έργο Χαρτογράφηση της Ελλάδος το οποίο κατέληξε στην αποτύπωση της χώρας σε κλίμακα. 1:5.000. Υλοποιήθηκε με οικονομικούς πόρους από το κεφάλαιο Δημοσίων Επενδύσεων του Υπουργείου Συντονισμού (Εθνικής Οικονομίας) και αποτέλεσε την αιχμή του δόρατος για την ανανέωση του μηχανολογικού και επιστημονικού εξοπλισμού της Υπηρεσίας, με παράλληλη αύξηση του πολιτικού προσωπικού της.

Στις 13/10/1971 με το ΝΔ 1013 περί ανασυγκροτήσεως της ΓΥΣ, η ΓΥΣ ορίζεται Μονάδα του Γεωγραφικού Σώματος διοικητικά και οικονομικά ανεξάρτητη, υπαγόμενη στο ΓΕΣ.

Η δεκαετία του 1980 και τα επόμενα χρόνια έφεραν την επανάσταση στη χαρτογραφία με την εισαγωγή των προσωπικών υπολογιστών, τους ψηφιακούς φωτογραμμετρικούς σταθμούς, τα Γεωγραφικά Συστήματα Πληροφοριών (ΓΣΠ), την Τηλεπισκόπηση και τα Δορυφορικά Συστήματα Προσδιορισμού Θέσης (GPS).

Η χρησιμοποίηση των σύγχρονων γεωδαισιακών μεθόδων και θεωριών (του τριγωνισμού στο χώρο, της βαρυτομετρίας, των αστρονομικών και γεωμαγνητικών παρατηρήσεων κλπ.), η εφαρμογή τους στο πρακτικό πεδίο της τοπογραφικής αποτύπωσης, η αξιοποίηση της Φωτογραμμετρίας, η εκμετάλλευση των δορυφορικών παρατηρήσεων, καθώς και οι σύνθετες διεργασίες της χαρτογραφίας και των εκτυπώσεων, συνθέτουν την πολυδιάστατη δραστηριότητα μιας Υπηρεσίας που πρωταγωνιστεί, τόσο στο πλαίσιο της εθνικής στρατηγικής και ανάπτυξης, όσο και στις διεθνείς συνεργασίες της.

Στηριζόμενη στο υπεύθυνο και άρτια καταρτισμένο προσωπικό της (στρατιωτικό και πολιτικό) και σε συνδυασμό με το σύγχρονο και διαρκώς εξελισσόμενο τεχνολογικό και μηχανογραφικό εξοπλισμό που διαθέτει, εκπληρώνει την αποστολή της συμβάλλοντας με αξιοπιστία στη δυναμική συμμετοχή των Ενόπλων Δυνάμεων στις επιστημονικές και τεχνικές εξελίξεις, μέσα από ένα τεράστιο πεδίο θεωρητικών αναζητήσεων και πρακτικών εφαρμογών, εφάμιλλων αυτών των αντίστοιχων υπηρεσιών άλλων προηγμένων χωρών.

Η ΓΥΣ, κάνει τη θεωρία πράξη, οδηγό πολύτιμο στον εθνικό αμυντικό σχεδιασμό, ενώ εξίσου σημαντική είναι και η συμμετοχή της στην πρόοδο της αναπτυξιακής πολιτικής της χώρας, συνεργαζόμενη με το σύνολο των Υπουργείων, κρατικών και ιδιωτικών φορέων, ΔΕΚΟ και εκπαιδευτικών ιδρυμάτων, σε προγράμματα και έργα μείζονος εθνικής σημασίας.